L'effet secondaire le plus courant des suppléments oméga-3 est l'arrière goût de poisson, voire des éructations. Toutefois, il est possible d'éliminer ceci complètement simplement en divisant les doses (par exemple, une capsule avant chaque repas si vous prenez 3 capsules par jour) en les prenant immédiatement au début d'un repas. Certaines personnes voient leur transit intestinal s'accélérer et vont à la selle plus d'une fois par jour. Il arrive, rarement, que dans la première semaine de supplémentation les selles soient molles voire liquides. Dans ce cas, il faut simplement diminuer la dose pendant une semaine ou deux, et essayer à nouveau la dose plus forte pour voir si elle est maintenant tolérée. Dans de très rares cas, les oméga-3 peuvent faciliter l'apparition d'ecchymoses (des "bleus") dans la mesure où, comme l'aspirine, ils interfèrent avec certains mécanismes de coagulation (l'agrégation des plaquettes). Ceci est généralement considéré comme un de leurs bénéfices (comme l'aspirine, cela réduit le risque d'infarctus ou d'accident cérébro-vasculaires), mais peut devenir un problème chez des personnes prédisposées aux ecchymoses ou qui prennent des médicaments anti-coagulants.